Hola Alberto, es posible que el trabajador de media jornada o los suplentes tengan otra obra social u otro empleo por el que estén aportando como un trabajador de jornada completa. En ese caso no deberías descontarle como si fuera de 8 horas porque ya lo está haciendo por otro lado.

Lo que deberías tener es una nota a modo de declaración jurada donde conste la situación para no tener inconvenientes en un futuro con el trabajador y la obra social.

Un saludo grande.