Hola:

Antes de responer debería saber de qué tipo de suplencia estamos hablando.

Si es el suplente que trabaja todos los sábados y domingos o es un suplente que trabaja sólo por las vacaciones del encargado habitual o porque éste está enfermo.

Si es el suplente de sábados, domingos y feriados que trabaja siempre -pero solo en esos días- corresponde darle el alta una vez sola como "Suplente" y no cada fin de semana o en cada feriado.

Si el suplente trabajará cuando el encargado permanente está gozando sus vacaciones o está enfermo entonces se le da de alta desde y hasta una fecha determinada. En el caso de una enfermedad en la que no se sabe hasta cuándo deberá cumplir con la suplencia se deja abierta teniendo en cuenta que no supere los 60 días ya que en ese caso va a adquirir estabilidad en el empleo. Cuando la suplencia es por motivos de enfermedad y superará los 60 días, se debe hacer una declaración de esta situación en el SECLO (Servicio de Conciliación Laboral Obligatoria) que se encuentra bajo la órbita del Ministerio de Trabajo para que el encargado no adquiera la estabilidad.

En cuanto a la hora extra de un suplente es un concepto un tanto forzado. Las horas extras son entendidas como aquellas horas que se hacen por encima del horario habitual de los trabajadores mensualizados y por eso necesitaría saber a qué caso te estas refiriendo como para ahondar más en tu consulta.

Un saludo grandote.