Hola Leonardo:

No me queda claro a qué te referis con "licencia especial" y "otras licencias especiales". Entiendo que hablamos de las licencias del artículo 12 inciso a) del Convenio Colectivo. La forma de pago está indicada en el Artículo 159 de la Ley 20744 (Ley de Contrato de Trabajo) y dice: " Las licencias a que se refiere el artículo 158 serán pagas, y el salario se calculará con arreglo a lo dispuesto en el artículo 155 de esta ley" y el Artículo 155 al que hace referencia, indica: "El trabajador percibirá retribución durante el período de vacaciones, la que se determinará de la siguiente manera:

a) Tratándose de trabajos remunerados con sueldo mensual, dividiendo por veinticinco (25) el importe del sueldo que perciba en el momento de su otorgamiento.

b) Si la remuneración se hubiere fijado por día o por hora, se abonará por cada día de vacación el importe que le hubiere correspondido percibir al trabajador en la jornada anterior a la fecha en que comience en el goce de las mismas, tomando a tal efecto la remuneración que deba abonarse conforme a las normas legales o convencionales o a lo pactado, si fuere mayor. Si la jornada habitual fuere superior a la de ocho (8) horas, se tomará como jornada la real, en tanto no exceda de nueve (9) horas. Cuando la jornada tomada en consideración sea, por razones circunstanciales, inferior a la habitual del trabajador la remuneración se calculará como si la misma coincidiera con la legal. Si el trabajador remunerado por día o por hora hubiere percibido además remuneraciones accesorias, tales como por horas complementarias, se estará a lo que prevén los incisos siguientes:

c) En caso de salario a destajo, comisiones individuales o colectivas, porcentajes u otras formas variables, de acuerdo al promedio de los sueldos devengados durante el año que corresponda al otorgamiento de las vacaciones o, a opción del trabajador, durante los últimos seis (6) meses de prestación de servicios.

d) Se entenderá integrando la remuneración del trabajador todo lo que éste perciba por trabajos ordinarios o extraordinarios, bonificación por antigüedad u otras remuneraciones accesorias.

La retribución correspondiente al período de vacaciones deberá ser satisfecha a la iniciación del mismo".

Resumiendo, se debe abonar con el mismo valor que si fueras a abonar un día de vacaciones.

Un saludo grande.