¡Hola Patricia! 

Antes que nada debo aclararte que no soy contadora por lo cual te recomiendo que hagas otra consulta además de tener en cuenta lo que te escribo. 

Si la obra social no te intimó y esa deuda no sigue ya otro procedimiento para cobrarla, podes generar un Vep con solo los items que quieras abonar. Ademas del capital, verás que el aplicativo de la AFIP también fue generando los correspondientes intereses.

Otra vez, te recuerdo que consultes con un profesional por el tema.

Un saludo grandote