¡Hola María! 

Sí, el aguinaldo se debe abonar a todo trabajador en forma proporcional al tiempo trabajado. No importa si es suplente por vacaciones, o porque el encargado titular está cumpliendo con el distanciamiento social, preventivo y obligatorio.
Esta obligación surge del artículo 123 de la Ley de Contrato de Trabajo:

Cuando se opere la extinción del contrato de trabajo por cualquier causa, el trabajador o los derecho-habientes que determina esta ley, tendrá derecho a percibir la parte del sueldo anual complementario que se establecerá como la doceava parte de las remuneraciones devengadas en la fracción del semestre trabajado, hasta el momento de dejar el servicio.

¡Un saludo grandote!